Se você tem o output de um experimento com vários fatores, possivelmente várias métricas, e precisa analisar esses dados com alguma estatística e gerar gráficos de qualidade, você provavelmente já chegou à conclusão que as combinações de bash + octave + gnuplot não são muito flexíveis e dão um trabalho considerável. Se sim, minha sugestão é que você considere usar o R para tratar seus dados e um pacote do R chamado Lattice para gerar seus gráficos. A curva de aprendizado é um pouco maior que bash ou octave, mas olhando os resultados, deve dar pra ver que vale a pena. Isso aqui embaixo é um exemplo do output dessa combinação em um experimento meu:
Para saber mais sobre o que é R, há uma matéria interessante sobre ele no NYT (se você não tem login, aproveite e conheça o BugMeNot).
Para aprender R, há bastante material online (por exemplo, aqui), mas aqui vão mais algumas referências:
R:
http://faculty.washington.edu/tlumley/Rcourse/R-fundamentals.pdf
http://cran.r-project.org/doc/contrib/Lemon-kickstart/index.html
http://leg.ufpr.br/Rpira/Rpira/
Lattice:
http://csg.sph.umich.edu/docs/R/graphics-1.pdf
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